Durant dix-huit ans, entre 1989 et 2006, dans ses fonctions de Secrétaire général de la CNCDH, Gérard Fellous a été le coordinateur et le rédacteur du rapport annuel sur la lutte contre le racisme et la xénophobie remis aux Premiers ministres successifs.
L’année 2005 était caractérisée par une diminution globale importante des actes à caractère raciste et antisémite portés à la connaissance des autorités. Paradoxalement, cette baisse de la violence s’accompagnait d’une augmentation jugée inquiétante du pourcentage de personnes qui s’avouaient racistes, d’une radicalisation des opinions hostiles aux étrangers et d’un essoufflement dans la mobilisation contre le racisme, l’antisémitisme et la xénophobie. La Commission nationale consultative des droits de l’homme estime que le bilan de l’année 2006 en termes de racisme, de xénophobie et d’antisémitisme est lui plus nuancé. Elle constate ainsi la poursuite de la baisse globale des chiffres du racisme, de la xénophobie et de l’antisémitisme en France mais estime, compte tenu de l’examen des données statistiques, que le combat est loin d’être gagné, en particulier en matière d’antisémitisme. Dans un contexte toujours marqué par de fortes préoccupations économiques et sociales, elle constate par ailleurs que les immigrés et les étrangers restent souvent stigmatisés : malgré une légère décrispation des attitudes à l’égard de l’ « Autre », elle note toujours une certaine dénonciation des immigrés, soupçonnés de ne pas vouloir réellement s’intégrer à la société française. La CNCDH relève que, malgré les efforts particuliers déployés, il reste encore beaucoup de chemin à parcourir ; elle invite donc les pouvoirs publics à poursuivre les efforts entamés, à renforcer les mesures de lutte et surtout à développer les actions de prévention. Elle recommande à ce titre l’affichage d’une volonté politique forte et ciblée et rappelle que la lutte contre le racisme, la xénophobie et l’antisémitisme doit faire l’objet d’une politique spécifique et concertée.